Bölge Müdürlüğümüz, Devlet Su İşleri Genel Müdürlüğü yatırım programında bulunan Ilısu Barajı ve HES projesi tatbikat çalışmalarının yürütülmesi maksadıyla, merkezi Mardin ili olmak üzere, münhasıran adı geçen projenin yapım süresiyle sınırlı olmak üzere, geçici olarak DSİ Ilısu Projesi 16. Bölge Müdürlüğünün kurulması, 3046 sayılı Kanunun 17.nci maddesinin (g) fıkrası gereğince uygun görülmüştür.
Bölge Müdürlüğümüz faaliyet alanı Ilısu Projesi ile sınırlı olup, inşaat açısından şantiye sahası, kamulaştırma, yeniden yerleşim, arkeolojik ve kültürel varlıkların korunması ve kurtarılması ile projenin çevreye etkileri yönünden ise 5 ilde bulunan su altında kalan ve etkilenen alanları kapsar.